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勤而行之

下载新版PubMed为xml格式文件并导入CiteSpace

阿狸的Blog · 2021-06-21

分类: 效率工具  
标签: citspace  

上一期我们学习了CiteSpace，也叫引文空间，是一个强大的文献可视化工具。作为一个医学生，我们经常要在PubMed来检索生物医学文献，本期主要讲解把Pubmed中检索的文献导入到Citespace进行可视化分析。关于citespace安装的问题，请参考我的上一期视频[[../../4-Note/Ⅰ-R统计与绘图/效率工具-初学CiteSpace]]。

1.xml格式文件下载

[[如何以XML文本文件格式从新的Pubmed中保存参考文献？]] ，这里我们需要用到PubMed2XL。PubMed2XL是一个免费的网络工具，它允许你以xml格式下载多个引文，可以在https://pubmed2xl.com/xml/.上找到。只需在搜索框中输入PMID号，每行一个，然后单击下载按钮。 ![[Pasted image 20210612181419.png]]

我们来演示一下。首先，我们把网址收藏在收藏夹中，打开PubMed (nih.gov)。 ![[Pasted image 20210612181609.png]]

我们来搜索“lung cancer”，肺癌，然后点击搜索，在搜索的结果中，点击我们想要可视化的文献，我们这里来选择10篇，选中后点击我们收藏家里的PubMed2XL， ![[Pasted image 20210612182243.png]]

点击download xml file，命名为“download_pubmed”保存下载的文件到桌面。

下载这一步就完成了。

2.导入CiteSpace

在导入Citespace软件之前，我们需要做一些准备工作。我们需要在桌面建一个文件夹，命名为pubmed，然后打开这个pubmed文件夹，在里面建立四个文件夹，分别命名为：input、output、data、project，建好之后，我们把刚才下载的“download_pubmed”复制到“input”文件夹。然后，打开Citespace软件，

![[Pasted image 20210612082758 1.png]]

点击菜单栏的data，选择import/export，选择pubmed，选择相应的input和output文件夹，然后选择pubmed（xml）→wos，需要运行一会，成功之后， ![[Pasted image 20210612193834.png]] 我们可以看到，在output文件夹里有了一个新文件， ![[Pasted image 20210612184540.png]] 我们把这个文件复制到data文件夹里

我们回到citespace的主界面，在new项目中，输入一个新项目的名字，选择project文件夹的位置， ![[Pasted image 20210612194100.png]]

然后设定一些参数，点击“go”，在弹出的对话框里选择“visualize”即可。 ![[Pasted image 20210612194447.png]]

这样，我们导入的pub文献数据就形成了可视化，当然。我们选择的文献的数量较少，所以这个图比较简单，然后关于citespace的参数设置，我还不太了解，以后有机会的化我们再去了解吧。

3.参考文献